El museo fue creado en 1878 por el distinguido educador Eduardo de la Barra, quien con esa visión futurista que poseen los auténticos maestros, crea con sus alumnos, en dos salas del Liceo de Hombres de Valparaíso, un pequeño museo, el segundo más antiguo de Chile y el primero, regional. Ya en el año 1879, contaba con una biblioteca científica de 300 volúmenes de obras clásicas, de ciencias natura
les y antropología y una interesante colección de especies de flora y fauna colectadas o donadas por la sociedad porteña. El violento terremoto que azotó a Valparaíso en 1906 y el incendio posterior que destruyó al liceo, lamentablemente afectó irreparablemente a las valiosas colecciones que el museo había logrado acumular. En 1914, se logra reorganizar nuevamente el museo, gracias al apoyo de ilustres ciudadanos de Valparaíso, quienes donan importantes colecciones y obras científicas para su biblioteca. John Juger Silver, fue uno de sus primeros directores y su más entusiasta impulsor. Por carecer de un edificio propio, el museo debe cambiarse periódicamente de sede, ocupando locales en la avenida Gran Bretaña y la ex-Feria del Mar, en Playa Ancha; una pequeña casona en Viña del Mar y finalmente, el 15 de noviembre de 1988, gracias a un Comodato acordado entre la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos (Dibam), y la Ilustre Municipalidad de Valparaíso, el museo se reinaugura en el Palacio Lyon, lo cual junto con permitir su retorno a su ciudad de origen, pone en valor este hermoso edificio declarado Monumento Histórico en 1979.
